Cafarnaum, el lugar elegido por Jesús data del siglo II AC y al no tomar parte de la primera ni la segunda guerra contra los romanos, se encuentra intacto.

Jesús se asentó allí después que dejó Nazaret. No ofrecía ninguna ventaja especial que no se pudiera encontrar en los otros pueblos sobre el lago; probablemente lo eligió porque sus primeros conversos, Pedro el pescador y Andrés, vivían allí (Marcos 1:21, 29).

Jesús predicó en la sinagoga de Cafarnaum y allí curó a varias personas: un hombre poseído por el diablo, la suegra de Simón, un paralítico, y eventualmente muchos de los enfermos y poseídos del pueblo (Marcos 1:21-34). Fue también en Cafarnaum que Jesús resucitó a la hija de Jairo, un oficial de la sinagoga (Marcos 5:21-43). Algunos de los conversos de Jesús evidentemente vivieron o se instalaron allí, porque una presencia cristiana continua queda clara tanto a través de la arqueología como de los textos.

En los textos rabínicos del siglo IV se puede leer que había una considerable tensión entre las dos comunidades. Ambas comunidades tenían sus centros religiosos, tal como lo observó Eugeria en su visita allí entre 381 y 384: "En Cafarnaum, la casa del príncipe de los apóstoles ha sido convertida en una iglesia, conservando sus muros originales". Se encuentra allí también la sinagoga donde el Señor curó a un hombre poseído por el diablo.El acceso es por muchas escaleras, y está construído con piedra decorada. La sinagoga era la estructura más impresionante del pueblo, hecha de piedra caliza blanca traída de una cantera lejana a esta zona de basalto negro. Los excavadores arqueológicos afirman que el edificio fue construído en varias etapas pre-planificadas durante un siglo, comenzando a mediados del siglo IV. La entrada a la sinagoga era desde el sur, la dirección de Jerusalén.

La ornamentación de los dinteles incluye diseños geométricos, plantas y animales; un águila de piedra y cupidos sosteniendo guirnaldas de flores, más tarde destruídos por iconoclastas, cubría la entrada. Pilares en forma de U soportaban el segundo piso y el techo.

Las paredes internas estaban revocadas y el piso era de piedra. La congregación se sentaba a lo largo de las paredes mirando hacia el centro, donde probablemente se leía la Torá. Una gran habitación y un patio, posiblemente la casa de estudio, se hallaban adyacentes y hacia el este de la sinagoga. Las ruinas en el jardín incluyen un capitel corintio adornado con los símbolos del candelabro y el "shofar" (instrumento tocado en las ceremonias religiosas, hecho con un cuerno de carnero), fragmentos arquitectónicos que contienen la estrella de David (que no fue un símbolo judío hasta hace 2000 años). Aquí, la estrella de seis puntas aparece al lado de la de cinco puntas. Pueden verse las respresentaciones de algunas de las siete especies que bendicen a la Tierra de Israel (trigo, vid, granada, palma datilera, higos y olivas (Deuteronomio 8:8).

Una piedra muestra un par de pilares similares en diseño a los que fueron hallados en Jamat Tiberíades, un motivo que se encuentra también en los templos romanos. La inscripción en Arameo hace alusión a un donante. La piedra siguiente representa un templo sobre ruedas, tal vez aludiendo al tabernáculo que se desplazaba con los judíos en el desierto.

La Casa de Pedro es otra vivienda de importancia, construída en el primer siglo AC. Era una residencia común y pobre con varias habitaciones agrupadas alrededor de un patio irregular. Una de las habitaciones tenía la pared cubierta de revoque pintado. En su segunda etapa, en el siglo IV, esta habitación se convirtió en el centro de la casa, la cual estaba rodeada por un muro y así aislada del pueblo. Esta puede haber sido la iglesia que vio Egeria. En el siglo V, este edificio fue demolido y en su lugar se construyó una iglesia octogonal. La iglesia tenía un piso de mosaico, incluyendo un pavo real en su centro. Si bien no hay nada en la casa anterior que identifique a su dueño, el hecho de que se convirtiera en una iglesia indica una tradición que la conecta con Pedro y con las actividades de Jesús en Capernaum. La tierra fue adquirida en 1894 por padres Franciscanos, quienes construyeron un monasterio junto a la sinagoga.